Pesantren Bumi Cendekia didirikan oleh Yayasan Bumi Aswaja Yogyakarta pada tahun 2018. Pesantren ini di mengintegrasikan lembaga pendidikan formal jenjang SMP dan SMA sebagai ikhtiar untuk menyiapkan generasi Muslim Indonesia yang mempunyai kepribadian santri dan mempunyai kompetensi untuk dapat menjawab tantangan kehidupan masa depan.
Memasuki usia 5 tahun, pertumbuhan peminat dan jumlah santri Bumi Cendekia menunjukkan tren peningkatan yang konstan. Peminat santri tidak hanya datang dari pulau Jawa tetapi juga luar Jawa dan berasal dari kelas ekonomi bawah hingga atas.
Pada tahun ajaran 2023/2024 total jumlah santri adalah 180 santri putra/putri (SMA dan SMA). Beberapa tahun terahir masa pendaftaran santri ditutup lebih awal karena keterbatasan ruang, sehingga terpaksa banyak orang tua yang terhalang untuk mengirimkan pura-putrinya belajar di Bumi Cendekia. Pada tahun 2026 diproyeksikan pertumbuhan santri Bumi Cendekia akan mencapai 500-600 santri.
Karena keterbatasan ruang, sejak awal berdiri hingga tahun ke-7 para santri Bumi Cendekia beribadah di rumah joglo yang semakin tidak memadai. Joglo adalah tempat ibadah sementara sampai Pesantren dapat menyediakan bangunan masjid yang permanen.
Oleh karena itu, Yayasan Bumi Aswaja Yogyakarta sedang berupaya menyediakan fasilitas masjid sebagai tempat ibadah warga Pesantren Bumi Cendekia yang selama tujuh tahun terakhir masih menggunakan tempat ibadah sementara.